水泳部は1976年に三期生の増田先生を中心に設立され、かつてアジア大会候補選手だった土井田教授に顧問をお願いし始まりました。そして、現在大学構内にある屋外プールは、当時水泳部員であった現顧問である九嶋教授が中心となって建設に至りました。この大学プールができて練習が思う存分にできるようになったことにも起因し、水泳部は現在プレイヤー33人、マネージャー18人の総勢51人の大所帯で活動する強豪部活となっています。

近年の主な活動実績は、近畿医科学生水泳選手権（近医水）において2015年から2018年まで4連覇、昨年の近医水では男女総合3位、近畿医療学生短水路選手権（近医短）では男女総合準優勝、2023年の近医水では男子総合優勝、近医短では男女総合準優勝となっています。

現在の活動内容としては、夏のシーズン中は大学構内にある屋外プールで練習し、オフシーズンは瀬田駅から徒歩圏内のスポーツジムのプールで練習をさせていただいています。練習はシーズン中は合同練習が週に3回、自主練習が週に2回あり、オフシーズンは合同練習が週に1回、自主練習が週に2回あります。年間の主な試合は7月の近医水、8月の西医体、11月の近医短の三試合ですが、一部の部員は全学部の試合にも参加し、全国国公立大学選手権水泳競技大会にも出場しています。近畿医科学生水泳選手権での総合優勝、西医体でのより多くの部員の決勝出場をチームの目標とし、部員が一丸となって練習に励んでいます。