本学の脳神経内科（旧神経内科）が講座として独立したのは2016年7月1日である。超高齢化に伴う認知症、脳卒中、パーキンソン病などの神経変性疾患が増加している中、神経内科は今後最も増員が必要な診療科である。これまで内科学講座（糖尿病内分泌・腎臓・神経）の一グループであった滋賀医大でも、ついに神経内科が講座として産声を上げた。脳神経内科は従来、「難病科」としてのイメージが定着していたが、近年では脳梗塞、神経免疫疾患、パーキンソン病、てんかんなどへの新たな治療法や薬剤が導入されている。神経免疫疾患の免疫介入製剤や神経変性疾患に対する核酸療法などの病態修飾治療が難病のイメージを変えようとしている。アルツハイマー病に対する抗アミロイド抗体治療は、発症早期の症例で有効性が証明された。難病では、治療チームの専門性が患者の予後に大きく影響する時代となった。

滋賀医大内科学講座脳神経内科は、脳卒中、てんかん、脳炎・脳症などの神経救急からALS 、多系統萎縮症などの神経難病まで幅広いフィールドを高い専門性で診療し、患者や家族、滋賀県の神経内科診療に貢献している。研究面では、ALSの原因となる異常タンパク質（SOD1やTDP-43）に関する研究や、異常タンパク質に対する抗体医薬の開発、細胞移植によるモデル動物の再生治療研究、アルツハイマー病におけるDNA修復障害の発見などで成果を上げている。臨床研究では、ALSの病態に関わる栄養・代謝の研究や予後予測因子についての国際学術誌への報告を行っている。滋賀医大脳神経内科は、「地域医療を維持する責任」と「大学ならではの世界レベルの脳神経内科診療と研究の両立」をモットーに、診療、研究、教育に邁進している。高度な診断スキルと最新の治療を駆使し、患者と家族に寄り添う診療を心がけている。