内科学第一講座は滋賀医科大学における最初の臨床講座であり、大学の開学初期の1975年4月に開設され、呼吸器内科と循環器内科を担当してきた。講座は、初代　河北成一教授、第2代　木之下正彦教授、第3代　堀江　稔教授によって、創設、発展、拡大がなされてきた。途中、大学の講座編成に変更があり、内科学講座 (呼吸器・循環器内科)との名称となった。また、初代から第3代までの各教授の専門は循環器内科学であった。

臨床分野の専門化、細分化が進み、呼吸器内科を専門とする講座の開設が望まれる中、2018年6月に内科学講座 (呼吸器・循環器内科)は、内科学講座 (呼吸器内科)と内科学講座 (循環器内科)に分離し、それぞれが独立した。内科学講座 (呼吸器内科)の初代教授には、内科学講座 (呼吸器・循環器内科)で准教授を務めていた中野恭幸が就任した。

これまでの経緯より、滋賀医科大学には呼吸器内科を専門とする医師が少ない。講座としては、教育を通して一人でも多くの学生に呼吸器内科に興味を持っていただき、その上で呼吸器内科を専門とする医療人を育成することが重要であると考えている。そのため、講座一丸となって、教育には力を注いできた。そのような中で、呼吸器内科の教育を中心となって行っておられた長尾大志先生が2023年4月に島根大学医学部地域医療教育学教授に就任されたことは、歴史の新しい講座にとっては、特筆すべき事柄であった。

研究に関しては、呼吸器の慢性疾患である慢性閉塞性肺疾患（COPD）や間質性肺炎などを中心に行っている。中でも、定量的画像解析を中心とした臨床研究に強みを持っている。それ以外にも、肺がんや感染症の研究など、臨床に基づいた研究を展開している。

臨床においては、滋賀県唯一の大学病院における呼吸器内科として、高度な治療を必要とするあらゆる呼吸器疾患に対応している。また、積極的に新しい治療法にも取り組んでいる。

滋賀医科大学は2024年に開学50周年を迎えるが、内科学講座 (呼吸器内科)は、その時点で創設6年目となる若い講座である。内科学講座 (呼吸器内科)は、教育・研究・臨床の各分野にわたり、さらなる50年を目指して飛躍していきたいと考えている。