本学は、男女共同参画社会基本法の基本理念に基づき、2009年9月に男女共同参画推進基本計画（マスタープラン）を策定し、2010年4月に男女共同参画推進委員会、2011年7月に男女共同参画推進室を設置した。2011年に滋賀県より「女性研究者等支援事業」を受託し、2012年には文部科学省科学技術人材育成費補助事業「女性研究者研究活動支援事業」に採択された。同年9月に尾松万里子准教授（生理学講座）が学長補佐（女性研究者支援担当、2016年度より男女共同参画担当）・男女共同参画推進室室長に就任し、支援制度の充実やネットワークの構築、意識啓発などに取り組んできた。

学内保育所「あゆっこ」を中心とした育児支援においては、2012年12月に病院内に搾乳室を設置、翌年1月には病児保育室を開所、2015年には金曜日の夜間保育を開始するなど、保護者の要望に柔軟に対応してきた。出産・育児・介護等により研究時間の確保が困難な研究者に対しては、2013年に「女性研究者のための支援員配置」を開始した。2016年には「研究者のための支援員配置」に変更し、男性研究者の支援も開始した。年々利用者が増え、支援を受けた研究者は2022年度は前期25名、後期30名となっている。この制度では、近江商人が大切にしていた「売り手よし、買い手よし、世間よし」の「三方よし」の精神に倣って、「研究者よし、学生よし、社会よし」の「三方よし人材バンク」を設立し、支援員候補となる本学学部学生を登録して研究支援員として配置している。また、2013年度に滋賀医科大学女性研究者賞を創設し、2022年度までに14名が表彰された。

2016年度には、育児やその他種々の理由により離職している女性医師の医療現場への復帰を支援する研修プログラムとして「スキルズアッププログラム」を開始し、女性医師の再挑戦、キャリア継続が可能となるように整備した。2020年度からは複数の診療科をローテーションして復帰研修する診療科を決めることができる「プレプログラム」制度、2021年度にはスキルズアッププログラムの2年目から勤務時間を延長できる「アドバンスコース」を設置するなど、支援制度の充実に努めている。

この間、2015年に本学は厚生労働省次世代育成支援認定「くるみんマーク」を取得し、2017年に男女共同参画推進室は内閣府平成29年度「女性のチャレンジ賞特別部門賞」を受賞した（写真）。2023年4月に尾松室長の後任として平田多佳子教授（生命科学講座）が学長補佐（男女共同参画担当）・男女共同参画推進室室長に就任し、さらなる支援体制の整備に取り組んでいる。