滋賀医科大学開学後、1976年に保健管理学講座が発足し、1989年に上島弘嗣（現名誉教授、NCD疫学研究センター特任教授）が教授に就任、1993年からは福祉保健医学講座に名称変更、2005年に社会医学講座へ統合され、社会医学講座福祉保健医学部門となった。2009年に三浦克之が教授に就任し、社会医学講座公衆衛生学部門に名称変更して現在に至っている。

同部門が長年行ってきた多彩な疫学研究実績が評価され、疫学研究機能、バイオバンク機能、リサーチクリニック機能を兼ね備えた総合研究棟をわが国初の疫学研究拠点として新築することとなり、2013年10月にアジア疫学研究センターが三浦克之をセンター長として開所した。同センターは2021年4月にNCD疫学研究センター（NCD Epidemiology Research Center/NERC）に改称、組織再編し、再スタートした。

NCD疫学研究センターには、予防医学部門、最先端疫学部門、医療統計学部門の3部門が設置され、滋賀医科大学の重点研究としての生活習慣病疫学研究および認知症疫学研究を、わが国の中心的拠点として推進している。予防医学部門の教員は、社会医学講座公衆衛生学部門の教員を併任、医療統計学部門の教員は社会医学講座医療統計学部門の教員を併任している。2021年10月に最先端疫学部門教授に矢野裕一朗が就任した。

2014年より、生活習慣病の疫学・医療統計学・予防医学・臨床研究・公衆衛生学のリーダーを養成する博士課程教育リーディングプログラム「アジア非感染性疾患（NCD）超克プロジェクト」が文部科学省の補助を受けて開始され、本センターが中心的な役割を果たして推進された。本プログラムは博士課程「NCD疫学リーダーコース」として継承され、本センター教員が中心となって教育を行っている。

心臓病・脳卒中などの循環器病、その危険因子である糖尿病・高血圧を含む生活習慣病、さらに近年大きな問題となっている認知症などの非感染性疾患（Non-communicable diseases; NCD）の増加は、わが国および世界において深刻な健康問題になっている。本センターでは、滋賀動脈硬化疫学研究SESSA、厚生労働省指定研究NIPPON DATA80/90/2010、滋賀県循環器病登録研究、高島コホート研究、国際共同研究INTERMAPなど多彩な疫学研究を、学内外の研究者と共同で実施している。今後も、わが国の疫学研究の拠点となり、NCDの予防と克服に資する最先端の疫学研究、国際共同疫学研究を進めていく。