滋賀医科大学開学以来、血液内科の診療は旧内科学第二講座（のちの消化器・血液内科）が担当していた。2022年10月に内科学講座（血液内科）教授に村田誠が就任し、血液内科診療科長を併任。これにより血液内科は独立した講座が運営する診療科として活動を開始した。現在は教授を含め常勤医師8名と非常勤医師2名が血液内科診療にあたっている。その計10名の中には、日本血液学会専門医8名、日本血液学会指導医4名、日本輸血・細胞治療学会認定医2名、日本造血・免疫細胞療法学会移植認定医2名、そしてがん治療認定医、日本血栓止血学会認定医、日本エイズ学会認定医など各1名が含まれる。

病棟は2009年の病院再開発を機に、それまでの5C病棟から4C病棟に移った。完全無菌管理個室2床、準無菌管理個室3床、一般病室16床の計21床を運用している。当科における造血幹細胞移植の歴史は長く、1989年に滋賀県で初めて骨髄移植を実施して以来、これまでに県下最多の約410件を実施してきた。2023年には、輸血・細胞治療部と連携し急性移植片対宿主病に対する間葉系幹細胞（再生医療等製品）を導入した。また2024年、血液浄化部と連携し慢性移植片対宿主病に対する体外フォトフェレーシスを導入する。外来は病院2階の血液内科診察室3部屋で行っている。第1診察室では再診患者、第2診察室では新患＋再診患者、そして第3診察室で曜日によって移植後長期フォローアップ外来やAIDS外来などの専門外来を開設している。

血液内科が診療する疾患は、腫瘍性疾患（白血病、骨髄異形成症候群、悪性リンパ腫、多発性骨髄腫など）、非腫瘍性疾患（再生不良性貧血、溶血性貧血、特発性血小板減少性紫斑病など）、遺伝性疾患（ヘモグロビン異常症、von Willebrand病、血友病など）、感染性疾患（伝染性単核球症、後天性免疫不全症候群など）と多岐にわたる。血液内科学、腫瘍学、免疫学、感染症学など広い領域に渡る知識を総動員するとともに、多くの診療科・部のご協力を仰ぎながらそれらの診療に当たっている。また、済生会滋賀県病院、公立甲賀病院、彦根市立病院には常勤医として血液専門医を派遣、長浜赤十字病院、地域医療機能推進機構滋賀病院、東近江総合医療センターには非常勤医として血液専門医を派遣し、血液疾患の外来診療に当たっている。

滋賀医科大学血液内科は、最新の治療法を遅滞なく導入し、一人一人の患者さんの気持ちに寄り添いながら、それぞれの患者さんにとって最適な治療を提供していく。そしてこの地域の血液内科患者さんに「滋賀医科大学で血液内科の診療を受けてよかった」と言っていただける血液内科をめざしている。そして、滋賀県をはじめ国内外で活躍し、次世代を担うリーダーとなる血液内科医/研究者を育成していく。