滋賀医科大学附属病院放射線科は病院内の放射線部の運営を行い、メンバーは医学部放射線医学講座が担っている。1978(昭和53)年10月の医学部附属病院開院時には、山崎武初代教授(-1989(平成元)年3月)、 藪本榮三初代助教授、坂本力初代放射線部助教授が加わり診療を開始している。放射線科では、開院当初から、放射線部内で施行されるすべての診療に対し、その適応、適正な方法での実施、放射線被曝管理、検査結果の報告について放射線科医が積極的に関与する方針を掲げ、先進的で今日的な放射線診療のスタンダードを当初から推し進めていた。また、放射線部内で行われた診療記録の管理についても先進的な体制を取り入れ、放射線部で発生した検査記録としてのフィルムはすべて部で集中管理し、検査記録・報告書は、診療録に保管する正本以外に、放射線部で検査別、患者別に保管する写しを作成し管理した。記録フィルム類は、患者の入院中と外来受診日に当該診療科へ貸出す以外は放射線部の保管庫で管理し、必要な場合は手続きを経れば閲覧可能であった。患者ごとに作成された「中放カルテ」と呼ばれる綴り内には当該患者の検査記録・報告書のすべてが時系列で揃い、これらはIDで保管、管理されていた。専門医制度が整った現在では当然ではあるが、開院当初から、本人の将来の方向が治療医、診断医の選択にかかわらず、原則として最初の2 – 3年程度で全員が両者を経験するという方針であった。国立大学としては初めて導入された20MeVリニアック治療装置を擁した放射線治療はもちろん、まだ広くは行われていなかった診断的手段を利用した治療であるインターベンショナルラジオロジー(interventional radiology : IVR)を当初から積極的に行っていた。これらの治療は正確な画像診断の上に成り立つという考え方で、将来の方向にかかわらず初期教育では画像診断のトレーニングは十分に行う方針で研修を行い、多くの放射線科医を育成した。

森田陸司第2代教授(1989(平成元)年5月-1999(平成11)年3月)は，臓器別のグループを構築し各専門領域ごとの診療、研究の充実をはかり、診療科としての基盤の強化をすすめるとともに、各領域においてレベルの高い放射線診療を確立した。当時、新たに始まった骨粗鬆症診療に不可欠な評価手段である二重Ｘ線吸収法を用いた骨粗鬆症検査法の社会実装に大きく貢献した。また、1985(昭和63)年放射線部講師として着任した、村田喜代史第3代教授(1999(平成11)年10月-2019(平成31)年3月）は、肺疾患のCT診断方法の研究をすすめ、放射線診療研究の最高峰である北米放射線学会での発表や国際学術雑誌への投稿を通して世界レベルの研究を遂行し、国際レベルの放射線科医の育成に努めた。第4代教授渡邉嘉之は、2019（令和元）年9月に着任し、拡大する放射線診療への対応、放射線医学研究を推進している。放射線医学では2016年頃から人工知能の診療応用が開始され、2023年の時点で診断支援や画像再構成など多くの技術が研究・開発され、臨床で用いられている。これらの人工知能技術は2022年のPACSシステムの更新時に導入し、日常臨床でも用いられている。

2024年の放射線科では一般撮影、CT、MRI、核医学の画像診断、超音波検査、透視検査、画像下治療（Interventional Radiology）、放射線治療を行い、すべての診療科に診断、治療を提供している。また、2024年には新しい放射線治療棟での診療や核医学治療も開始される予定であり、日々進歩する画像診断、放射線治療に対応している。