腫瘍センターは、附属病院と地域のがん医療を活性化し、高度がん医療の推進と均てん化及び集約化を進める組織として活動しており、社会の要請であるがん専門医・医療人の育成と先進的ながん医療の普及に貢献できる基盤を構築している。腫瘍センターは、がん医療を包括的に支える8部門（化学療法、緩和ケア（含む緩和ケアセンター、緩和ケアチーム）、がん登録、がん相談支援（含むがん相談支援センター）、診療連携、教育・研修、先進医療推進、がんゲノム医療の各部門）で構成され、関係する5委員会（腫瘍センター会議、化学療法プロトコール審査委員会、化学療法委員会、緩和ケア委員会、がん登録委員会）とともに、本学のがん診療・教育・研究を分野横断的に連携させ、県内外の医療機関と協力して、がんと診断されたときから切れ目なく続く質の高いがん医療の推進と普及をめざしている。また、本学の先進的がん医療に取り組んでいる。

がん診療に関わる多岐にわたる業務を担っており、（1）化学療法室の運営とがん薬物療法・高度集学的医療の提供、（2）化学療法プロトコール審査委員会・化学療法委員会活動、（3）緩和ケア委員会・緩和ケアチーム・緩和ケアセンター活動、（4）がん登録委員会活動・がん登録の実施、（5）キャンサーボードの開催、（6）文部科学省がんプロフェッショナル養成プランの支援、（7）がん拠点病院活動（厚生労働省・地域がん診療連携拠点病院（旧高度型）、がんゲノム医療拠点病院、特定機能病院、滋賀県がん診療連携協議会構成病院、滋賀県がん診療連携拠点病院、滋賀県がん診療高度中核拠点病院）等を担っている。化学療法部門では、25床の外来化学療法ベッドを有し、がん専門の医師および医療スタッフが外来で行う年間約9,000件の様々な種類のがんに対する薬物治療を安全かつ適切に実施している。緩和ケア部門では、緩和ケアセンターを設置して、緩和ケアの経験が豊かな多職種の医療スタッフで緩和ケアチームを編成しており、がんの診断時より、体の苦痛となる症状、患者さんと家族が抱える精神的苦痛への専門的ケア介入を年間約1,800件行い、生活の質（QOL）の維持・向上に向けた支援を行っている。また、がんゲノム医療部門では、がんゲノム医療拠点病院として、がんの個別化医療（プレシジョン医療）と遺伝性腫瘍に関わる医療の提供と診療支援を行い、エキスパートパネルを定期的に開催し、年間約100件以上のがん遺伝子パネル検査を実施している。

本学医学部附属病院と滋賀県の地域がん医療の高度化の推進や人材育成と均てん化に関わる腫瘍センターへの要請は増加の一途であり、継続的に外来化学療法ベッド増床を含むセンターの施設拡充やがんゲノム医療体制の強化を図り、地域の期待に応えていく体制を整備している。