当センターの前身である「卒後臨床研修センター」は平成14年度に設置された。初代センター長は当時の副学長である森田陸司病院長が兼務し、平成16年には柏木厚典教授が、平成17年には藤山佳秀教授がそれぞれ兼務していたが、平成18年に太田茂准教授が初めての専任としてセンター長に就任された。そして平成21年度に「医師臨床教育センター」に改組され、現在に至っている。太田准教授に次いで平成26年から西田保裕准教授がセンター長を引き継ぎ、さらに平成29年4月から川崎拓准教授（当時）がセンター長としてセンターの運営全般を担当している。

医師臨床教育センター設立初期の主な役割は、初期研修医の募集と採用した初期研修医の教育であった。本学附属病院における研修医数の推移をみると、年度によりばらつきはあるが、平均すると毎年30～40人が初期研修を行っている。本学卒業生だけでなく、他大学卒業生の占める割合も近年約3割前後となっており、女性研修医の数も増えている。また、ここ数年力を入れているのが、滋賀県内の主要研修病院との連携構築である。本学地域医療教育研究拠点である東近江総合医療センター、JCHO滋賀病院、公立甲賀病院との連携を強化するとともに、さらに積極的に県内主要研修病院とのネットワークの確立に努め、現在では多くの病院と研修医を相互に派遣している。

それに加え、平成30年度から始まった新専門医制度に対応する専門研修プログラム協議会においても、当センターは広報活動を中心に各診療科（各プログラム領域）と協力し、本学の魅力をアピールしている。現在本学は19領域のうち18領域の専門研修基幹施設として認められている。これらの取り組みの結果、本学の専攻医（後期研修医）プログラム登録者数も、ここ数年は毎年平均約60名と、10年前の平均40名程度から大幅に増加している。

もうひとつ重要な役割として、滋賀県から奨学金が貸与されていた学生が医師となり、義務年限を滋賀県で過ごす過程でのキャリア形成を支援する「滋賀県医師キャリアサポートセンター」の運営にも協力している。平成30年度から川崎がキャリアサポートセンター副センター長も併任し、担当の専任医師も1名から2名へと増員され、当センターの副センター長2名がキャリアサポートセンター専任医師（山原真子特任講師、佐藤知実特任助教）となった。

これらの実績と卒後医学教育の重要性が認められた結果、当センターの専任教員数は4名と倍増され、さらに令和4年度にはセンター長は教授職となり、川崎が引き続きその任につくことになった。また、令和5年度には専任筆頭副センター長である小牧史明特任講師も病院准教授に昇進している。サポートする事務職員も常勤4名、非常勤6名（キャリアサポートセンター事務職員：常勤2名、非常勤3名含む）と大幅に増え、体制もさらに充実してきている。

医師臨床教育センターはそれぞれの時代を背景にして役割を拡大しており、これからも滋賀医大や滋賀県の医療を支える人材育成に全力で取り組んでいく所存である。