昭和53年4月に滋賀医科大学精神医学講座が開設され、初代教授として、髙橋三郎先生（現滋賀医科大学名誉教授）が京都府立医科大学より着任した。髙橋三郎先生は精神疾患の生物学的な特徴に注目した研究のみならず、国際的に標準的診断基準の一つであり、現在日常的に使用されるアメリカ精神医学会作成の診断基準であるDSM（diagnostic and statistical manual of mental disorders）の翻訳を長年手がけ、DSM-IIIから最新のDSM-5-TRまでの翻訳に携わっている。平成8年からは加藤進昌先生が2代目の教授に就任した。加藤先生は脳神経センターの生みの親でもある。平成13年より大川匡子先生が国立精神・神経医療研究センターより3代目教授に就任、睡眠センターの立ち上げに尽力された。平成19年からは山田尚登先生が4代目教授に就任、後に副学長も務めた。平成31年3月からは尾関祐二が5代目教授に就任し、開学50周年を迎えた。

滋賀医科大学精神医学講座の研究といえば伝統的に睡眠分野に強く、現在は角谷寛特任教授を中心に一般市民のコホートを対象とした研究やREM睡眠時行動障害を対象とした専門外来を行うなど、多方面から睡眠研究を行っている。また、生物学的な精神医学の側面からの研究も伝統的に行われており、いくつかの稀な生物学的特徴をもつ統合失調症患者の病態研究を通して、統合失調症の病態解明を試みるなど複数の取り組みを行っている。さらに発達症を対象としたものや、ヨーガ療法や臨床薬理学、周産期のメンタルヘルスなど、治療手技や臨床場面を基にした研究も継続している。学会活動としてここ数年でも令和3年に第8回成人発達障害支援学会（副大会長：尾関）、令和5年には第29回多文化間精神医学会学術総会（大会長：尾関）、第132回近畿精神神経学会（大会長：尾関）、第22回日本睡眠歯科学会総会・学術集会（大会長：角谷）と活発に学会活動にかかわっている。教育面では、共用試験の公的化など卒前教育の大きな変革を迎える中、精神医学講座としても教育の充実に向けた取り組みを常に模索している。