歯科口腔外科学講座は1979年に診療科して設置され、初代、佐藤匠教授のもと1985年に講座として開設された。その後、1985年に2代目、吉武一貞教授、2003年に3代目、山本学教授、そして2024年に4代目として髙岡一樹教授へ引き継ぎ、教育・研究・臨床の3本柱を基盤とした講座運営を進めている。

学生教育としては、口腔に関する講義を行い、臨床実習では、手術見学や抗がん剤治療などで生じる口腔に関する有害事象の軽減を目的とした口腔機能管理（口腔ケア）を中心に教育を行っている。医局員に対しては、日本口腔外科学会、日本口腔インプラント学会等の認定医、専門医取得に向けた指導を行っている。

研究は、これまでに顎顔面外傷、顎変形症、口腔がん関連の臨床研究を進めてきた。大学院生は病理学講座や社会医学講座法医学部門の指導のもとに基礎研究を行い、国内外の学会で発表し、論文としてまとめ、学位授与に至っている。

臨床は、歯科口腔外科の診療対象はここ十数年で大きく変化してきた。埋伏智歯、顎骨嚢胞・腫瘍、顎骨骨折、顎変形症、口腔がんなどが一般的であったが、それに加えて、周術期口腔機能管理、薬剤関連顎骨壊死、広範囲顎骨支持型装置による補綴治療（口腔インプラント）など、対象は増加傾向である。また、2006年より、「地域連携顎矯正システム」、「地域連携インプラントシステム」を開始し、各専門の歯科医師が各治療ステップにおいて密に連携するシステムを構築し、より高度な治療を患者に提供できるようになった。さらに院内では、2008年より「デンタルサポートシステム」を立ち上あげ、周術期の患者や外来への移動が困難な患者、糖尿病教育入院患者などに対しての口腔ケア、さらに病棟看護師への口腔ケア方法の指導を行っている。

県内唯一の国立大学医学部歯科口腔外科学講座であるため、安全でかつ高度先進医療を提供すると同時に将来の滋賀県の歯科口腔外科医療を担う人材を養成することを使命とし、努力をしている。

当講座の同門会員数は146名で、県内を中心に地域医療を担っている。地域の関連病院として、大津市民病院、JCHO滋賀病院、淡海医療センター、豊郷病院、東近江医療センター、日野記念病院、長浜赤十字病院、長浜市立湖北病院、京都第二赤十字病院、口腔衛生センター、紫香楽病院、びわこ学園医療福祉センター草津、TOPPANグループ滋賀診療所における診療を同門会員・医局員が担っている。

また、1983年より「滋賀歯学会」という学術集会を年1回、滋賀県歯科医師会と共催しており、歯科医師だけでなく、歯科衛生士や歯科技工士、看護師が発表を行う機会を設け、各分野の情報発信・意見交換を行っている。さらに同学会時には、一般の方にも参加していただける市民公開講座を開催し、歯科口腔外科疾患、特に口腔がんや口腔インプラントについて講演を行っている。