本部門は1975年4月、守山市仮校舎にて微生物学講座（旧称）として尾崎良克教授（〜1988.3）と牛嶋彊助教授（〜2000.3）の２名体制で発足した。研究教育ともに教授がウイルス学、助教授が細菌学を担当する体制で、大橋正美助手（1976.4〜1983.3）、岸下雅通助手（1979.4〜1983.3）、岩田幸子事務官（1976.4〜1998.3）が加わった。尾崎教授は大橋助手、礒野高敬助手（1983.3〜1995.8）らとヘルペスウイルスの感染・免疫の研究を進め、1981〜1987年の６年間にわたり副学長の要職を務めた。牛嶋助教授は岸下助手、高橋めぐみ助手（1983.3〜1990.4）らと皮膚や腸管の常在細菌叢の研究を行った。

1988年4月には尾崎教授の後任として瀬戸昭教授（〜2005.3）が着任。独自に樹立した近郊系家兎による感染モデル実験で、腫瘍ウイルス(HTLV、HPV等)とヘルペスウイルスの研究を進めた。2000年4月には牛嶋助教授の後任として井上寛一准教授（〜2020.3）が着任。ウイルス癌遺伝子v-Srcに対する癌抑制遺伝子Drsの他、PeriostinやCyclin D1など癌関連遺伝子の研究を行った。瀬戸教授在任中には礒野助手、高橋助手のほか、京ヶ島守助手（1990.7〜1992.9）、永野幸生助手（1994.4〜1997.2）、旦部幸博助手（1996.3〜現・准教授）、原口清輝助手（2000.4〜2004.10）が研究教育に従事した。なお牛嶋助教授退官後の学部教育は、ウイルス学を瀬戸教授と井上准教授、細菌学を瀬戸教授と旦部助手がそれぞれ分担し、寄生虫その他の感染症学には専門の非常勤講師も招いて行われた。

2006年4月には瀬戸教授の後任として後藤敏教授（〜2021.3）が着任。北川善紀助手（2006.8〜現・学内講師）らとパラミクソウイルスの病原性と宿主免疫回避機構の研究を行った。長浜バイオ大学と積極的に交流し、同学から周敏（2014.3博士取得）山口まゆ（2015.3博士取得）の2名の本学博士過程進学者を含む7名の学生を受入れた他、本学看護学科学部生の研究指導にあたった。教育では瀬戸教授時代の方式を踏襲し、ウイルス学を後藤教授と北川助教、細菌学を後藤教授と旦部助教、井上准教授が主に感染症学を分担した。

2021年4月以降は、旦部准教授（井上准教授の後任として2020年5月着任）を部門長として北川講師との2名体制になった。教育は牛嶋助教授に学んだ旦部准教授が細菌学、北川講師がウイルス学を担当。研究はそれぞれ癌関連遺伝子、ウイルスの免疫回避機構という従来のテーマを踏襲しつつ、病原体宿主関係の共同研究や細菌学的手法を用いた学内共同研究にも着手している。一般向けの微生物や感染症の本（ブルーバックス）の共著も行った。教員数半減に、コロナ下の対応、さらに瀬田学舎建造以来初の講座移設（2022.11〜2023.5）が重なり、ばたばたした滑り出しになったが、技術補佐員の牛尾明代（2008.4〜）と中山妙（2023.6〜）、高澤博人（医学科6年）らと共に、新しい研究室で心機一転、従前通りの教育研究の質を維持すべく務めている。