大学附属病院開設時の昭和53年に検査部（安永幸二郎教授）が創設され、昭和57年に越智幸男が教授（部長）に就任した。平成4年に臨床検査医学講座が認可され、教員4名体制（越智、岡部、安藤、乾）でスタートし、平成9年から平成26年まで岡部英俊が教授（部長）を務めた。平成26年4月に九嶋亮治が国立がん研究センター中央病院より当講座教授に赴任した。

当講座の教授は附属病院検査部、病理部と輸血部の部長を併任してきたが、現在は輸血部（現：輸血・細胞治療部）の運営は村田誠教授（血液内科）にお任せしている。九嶋は令和2年より病理学講座（人体病理学部門）の教授となり、臨床検査医学講座教授を併任している。令和5年現在、教員としては九嶋（病理学講座併任教授、検査部長・病理部長）、茶野徳宏（臨床検査医学講座准教授、検査部副部長、臨床遺伝相談科副科長）、森谷鈴子（病理部准教授・副部長）、松原亜季子（検査部学内講師）の体制となっている。検査部長（九嶋）は技師長（池本敏行）とともに検査部全体を統括している。

令和元年には第62回日本臨床検査医学会近畿支部総会（九嶋総会長）を第59回日本臨床衛生検査技師会近畿支部医学検査学会（岩井宗男学会長：検査部副技師長）とピアザ淡海・滋賀県立県民交流センターで共同開催することができた。

臨床検査医学講座は学生教育としては、検査部所属の臨床検査技師の多大なる協力を得て、臨床検査医学全般について講義と臨床実習を担当してきた。令和3年より臨床実習カリキュラムの変更に伴い、3日間のみであるが病理診断学（病理部・病理診断科の医師が担当）、遺伝子検査（茶野徳宏准教授）、緊急検査（乾武広非常勤講師）、血液検査（池本技師長担当）と検体検査全般（湯本副技師長担当）の実習を集中的・効率的に行っている。さらに、輸血・細胞治療部には血液型判定の実習でご協力をいただいている。

初代安永教授は血小板機能、第二代越智教授は甲状腺機能、第三代岡部教授は神経病理学が専門分野であり、優れた成果を報告してきた。茶野徳宏准教授のグループは腫瘍のバイオマーカー、ナノ・バイオサイエンスや創薬の分野で先進的な成果をトップジャーナルに次々と報告している。九嶋は消化管病理学のリーダーとして国際的に活躍している。