現在の小児科スタッフは、内分泌代謝を専門とされる丸尾良浩教授以下、病院教授1、特任教授1、特任准教授1、講師2、特任講師1、助教7、特任助教8、医員9および後期研修医3名である。

外来は、午前診に総合外来が1枠ある以外はすべて予約制の専門外来である。病院開設来4室であった診察室は病院再開発で6室に増えた。午後診察が積極的に行われるようになったこともあり、一日平均患者数が年々増加している。

病棟は、病院再開発で小規模な移転を繰り返した後、2009年5月にNICU、GCUが、同年11月に一般小児科病棟が5Ａにリニューアルした。外科系小児病室と合わせ、天井、床、壁面などに動物などの絵が描かれた、にぎやかで楽しい小児病棟となった。現在はNICU12、GCU12、一般小児31床（外科系8床を含む）で運用されている。

診療は大きく小児神経、血液腫瘍、内分泌代謝、循環器、新生児、腎臓、膠原病・アレルギー、集中治療の8つのセクションにわけられている。小児神経部門は24時間脳波検査などの検査を始めとし、難治性てんかん、脳炎・脳症含む難治性疾患から人工呼吸器を用いた在宅医療を中心に診療を行っている。また2002年から発達外来を開設し、発達障害を持つこどもたちの診療も行っている。血液腫瘍部門は、常時10名以上の入院患者を有し、白血病、脳腫瘍、固形腫瘍を中心に全国レベルの臨床試験に参加するなど集学的治療を行っている。内分泌代謝部門は、低身長、甲状腺機能低下症、糖尿病、先天性代謝疾患など、CGM、インスリンポンプや遺伝子検査を自施設でも行いながら診療を行っている。循環器部門は、先天性心疾患を中心に心エコー、心臓カテーテル検査を中心とした診療を継続しているが、NICUの充実による胎児診断症例も増加している。新生児部門は、先に述べたNICU，GCUの充実とともに発展し、新生児専門のスタッフが24時間、365日常勤して診療にあたっている。腎臓部門はスタッフ数とともにここ数年急速に症例が増えており、難治性ネフローゼや血液浄化療法を必要とする疾患など県内外からの難治性腎疾患診療を行っている。膠原病・アレルギー部門は小児の膠原病についての診療を行い、県内の症例を集めている。集中治療部門は滋賀県で発生する重症症例の三次集中治療をになっている。

月曜の学生に対する症例提示と、木曜の午後3時半からのカルテ回診が行われ、全入院患者の診断、治療方針が討論されている。木曜の午後4時半からは抄読会、症例検討会、医局会が行われている。このほか、各専門グループのカンファレンスも行われている。

2017年1月に着任された現診療科長の丸尾教授は小児科診療の根幹である「小児科医は子どもの総合医である」を大事にされ、大学病院に望まれる専門性の高い小児疾患を中心としつつも、特定の疾患に偏らない幅広い診療をすることをモットーとされている。

地域医療への貢献として、滋賀県下19施設を含む20施設の病院・施設に医局員を派遣しており、県内病院小児科医の70％が本学関係者である。また、当大学病院が滋賀県唯一の中核病院となっているほか、4つの地域小児科センターのうち3つは本学関係者で診療が行われている。

また、毎年夏には血液腫瘍サマーキャンプ、糖尿病サマーキャンプなど市民や患者さん向けへのイベントも主催している。