開学以来、第一内科は呼吸器内科と循環器内科を担当していた。しかし、2002年4月からは、編成が臓器別となり、これまでの第一内科が循環器内科と呼吸器内科に分離し、呼吸器内科としての診療がはじまった。当初は呼吸器内科専門医が不在であったが、2002年10月に内科学講座（呼吸器・循環器内科）教授に堀江 稔が就任し、2003年2月には中野恭幸が呼吸器内科に着任し、現在の呼吸器内科の診療がはじまった。この時点では、スタッフ1名であった呼吸器内科であるが、2003年7月には羽白 高 (現　天理よろづ相談所病院呼吸器内科部長)が加入し、スタッフ2名で外来・入院の診療を行っていた。

その後、呼吸器内科を目指す研修医が合流し、2005年4月には長尾大志 (現島根大学医学部地域医療教育学教授)が着任した。このようにして、徐々に呼吸器内科医が増えていった。現時点(2023年12月)では、総勢14名の医師が呼吸器内科に所属し、また、学内の他部署にも4名の呼吸器内科医がおり、総勢18名で診療にあたっている。

外来診療は毎日行い、滋賀県唯一の大学病院における呼吸器内科として、高度な治療を必要とするあらゆる呼吸器疾患に対応している。また、2014年4月からは、慢性閉塞性肺疾患（COPD）、気管支喘息、間質性肺疾患に対する専門外来も開設している。対象とする疾患としては、外来患者では、気管支喘息、慢性閉塞性肺疾患（COPD）、肺癌、間質性肺疾患などの疾患が多い一方、入院患者では、肺癌、肺炎、間質性肺疾患、慢性閉塞性肺疾患（COPD）、気管支喘息などの疾患が多くなっている。

また、2019年に端を発したCOVID-19（新型コロナウイルス）感染症に対しては、病院各科の協力のもとで、外来、入院ともに、呼吸器内科が常に最前線となりその診療にあたった。幸い、2023年5月よりは新型コロナウイルス感染症は感染症法上の5類感染症に移行し、大きな問題なく経過しているが、今後も新興・再興感染症に限らず、呼吸器内科に求められることをきちんと行っていきたい。