乳腺・小児・一般外科は、平成13年に谷徹教授が旧第一外科学講座教授に就任した際、乳腺・一般外科として診療を開始した。初代診療科長は花澤一芳助教授が担当し、平成17年に来見良誠准教授、平成23年に阿部元講師、平成25年に久保田良浩講師、平成27年に塩見尚礼学内講師、清水智治学内講師、令和元年に山口剛学内講師、令和5年に石川原講師が担当し現在に至る。主に乳腺内分泌外科・一般外科の診療を行っていたが、平成20年に京都府立医科大学小児外科から久保田良浩講師が赴任してから、本格的に小児外科診療を開始し、令和3年5月1日より診療科名が乳腺・小児・一般外科に変更された。

乳腺外科は現在冨田香助教を中心に、辰巳征浩医員と非常勤講師が担当し、年間約100例の乳腺手術を行っている。早期よりセンチネルリンパ節生検を導入し、乳房温存術式に加え、形成外科と連携して乳房全切除、乳房再建術にも取り組んでいる。また母子女性診療科と連携し、若年乳がん患者の妊孕性温存や、妊娠中の乳がん治療にも対応した専門性の高い診療を行っている。平成31年より認定遺伝カウンセラーを迎え、家族性腫瘍外来（乳がん）を開設し、対象の患者には遺伝性乳がん卵巣がん症候群の遺伝子検査について説明し、希望があれば保険診療として予防的乳房切除も行っている。

小児外科は平成25年から常勤2名体制となり、現在坂井幸子助教を中心とした常勤2名と久保田良浩非常勤講師が診療を担当し、小児の外科的疾患の大半を受け入れ、年間約120-150例の手術を行っている。鼠径ヘルニアや、臍ヘルニア、停留精巣などについては、一泊二日の短期入院による手術を行っており、特に鼠径ヘルニアに対しては、鼠径部小切開で行う従来法に加え、令和元年から腹腔鏡下鼠径ヘルニア修復術（LPEC法）を導入し、より低侵襲な手術を心がけている。腹部救急疾患や外傷も受け入れ、希少疾患である小児悪性固形腫瘍、先天性疾患を含む新生児外科疾患についても、小児科や母子女性診療科と連携して高度で専門的な診療を行っており、小児がん連携病院・総合周産期母子医療センターの一角として、滋賀県内の小児医療に貢献している。

今後も引き続き、患者に寄り添った優しくかつ安全で高度な最新の医療を実践・継承し、滋賀県内の乳腺診療・小児外科診療の中核を担っていきたい。