昭和51年（1976年）に細田四郎教授が初代教授として内科学第二講座が開講し50年を迎えようとしている。その間、第2代馬場忠雄教授（平成6年～平成14年）、第3代藤山佳秀教授（平成14年～平成26年）、第4代安藤朗教授（平成26年〜令和5年）の下、現在250名を超える同門会員が在籍するまでに発展してきた。附属病院では光学医療診療部が、平成14年(2002年)に設置され、消化器・血液内科病棟は2008年に現在の4階C病棟へと移動した。令和4年(2022年)に内科学講座（血液内科）の新規開設に合わせて血液内科外来が2階に移設されたことにより、消化器は病棟および外来とも内科外科が同一ブロックに集約配置され、より効率的な運用が可能となった。2020年初頭には新型コロナウイルスによるパンデミックにより、さまざまな診療の制限が生じたが、診療科一丸となって難局を克服した。そのような中、炎症性腸疾患については2005年炎症性腸疾患センターが創設されて以来、多くの紹介患者の診療にあたり、臨床試験の推進や高度先進医療の実施など滋賀県の炎症性腸疾患診療の拠点として高い医療レベルを維持してきた。そのほか、滋賀県肝疾患診療連携拠点病院、地域がん診療連携拠点病院（高度型）・滋賀県がん診療連携拠点病院・滋賀県がん診療高度中核拠点病院としても重要な役割を担っている。