脳神経外科学講座は1979年4月に開設された。当初医師は6名であったが、その後毎年のように卒業生が入局し、1994年時点で医局員数46名になった。現在は、教授1名、准教授1名、講師1名、助教5名、医員1名、名誉教授3名、他施設の院長、副院長、部長、センター長、医長、副部長などとして勤務するもの、他施設で研修中のもの、および、その他の進路を選択し活躍中のものを合わせると、医局員数は総数で73名に達した。脳神経外科専門医は、開設当初滋賀県にわずか3名であったが、現在では、滋賀医科大学脳神経外科の医局員のうち55名が取得しており、滋賀県の脳神経外科医療に貢献している。学問においては1994年までに9名の博士を当科からは輩出したが、現在は41名とそこから数をさらに増やし、医局員の約半数が博士を有するに至っている。

当科及び当科出身の脳神経外科医師の勤務先は、県内では、近江八幡市立総合医療センター、公立甲賀病院、湖東記念病院、長浜赤十字病院、高島市民病院、淡海医療センター、東近江総合医療センター、済生会守山市民病院、日野記念病院、市立野洲病院、大津赤十字病院、友仁山崎病院などがあり、県外では、京都市立病院、京都岡本記念病院、京都田辺中央病院、シミズ病院、洛西シミズ病院、蘇生会総合病院、脳神経リハビリ北大路病院、六地蔵総合病院、藍の都脳神経外科病院、大野記念病院、伊賀市立上野総合市民病院、静岡県立静岡がんセンター、黒部温泉病院、福岡徳洲会病院など多数に及ぶ。

臨床においては、CT、MRI、脳血管撮影などを用いた診断から、それらを元に、3D-CTA、MRA、3D-DSAなど高度な撮影法が登場し、さらにそれらをフュージョンした術前シミュレーション画像が簡便に作成できるようになるなど、画像診断の進歩により、手術の安全性が飛躍的に向上した。また、撮影装置や治療用デバイスの技術革新により、この30年における血管内治療の発展も目覚ましく、現代の脳血管障害の治療においては中心的役割を担うに至った。顕微鏡手術も、ICGを用いた術中蛍光血管撮影、5-ALAを用いた術中蛍光診断が導入され、最先端の脳神経外科手術が可能となっている。電気生理学的検査などの術中モニタリングや、ナビゲーションシステム、さらに覚醒下手術を組み合わせることで、低侵襲で最大限の効果を得られるようになっている。神経内視鏡による手術も日進月歩で発展しており、以前は開頭術が必要とされた多くの疾患が、より低侵襲かつ短時間で行えるようになっている。これら最先端医療を積極的に導入にしつつ、現在、手術件数は年間300件程度とこの50年でも最も多いレベルを維持しており、医療の発展と後進の育成を両立しながら、さらなる飛躍を目指している。