臨床腫瘍学講座は、2009年に設置された総合がん治療学講座を前身として、2012年に本学の臨床腫瘍学、腫瘍内科学、緩和医療学に関する教育・臨床・研究を中心的に推進する講座として設置された。学部教育においては、「腫瘍学講義」および「腫瘍内科・腫瘍センター・緩和ケア実習」を主担当とし、腫瘍関連の講義（計25コマ）と実習を行っている。また、大学院教育においては、がん専門医療人養成コース（文部科学省・がんプロフェッショナル養成プラン）を運営し、主担当16科目の講義と大学院生の研究指導を実施している。医学部附属病院においては、腫瘍内科及び腫瘍センターの診療を運営し、がん薬物療法、高度医療から緩和ケア、支持療法を踏まえたがん患者さんのQOLの維持と希望の切れ目のない総合的がん医療に取り組んでいる。また、さらなる治療法の研究・開発のために、これまで「がん免疫療法」の先進医療、医師主導治験や各種のオーダーメイド治療等を通じた滋賀医大の特色あるがん医療を提供してきており、全国のがん患者さんや病院からの先進的がん医療に関する相談・診療依頼を受け入れている。また、厚生労働省・がんゲノム医療拠点病院や滋賀県がん診療高度中核病院の指定を受けて、滋賀県内や全国のがん診療連携拠点病院および全国の大学・病院と連携したがんの新薬とオーダーメイド治療の開発に関わる各種の臨床試験や治験等を実施している。基礎研究においては、最先端のゲノミクス・プロテオミクス解析技術とヒト臨床生体試料や各種モデル動物を用いたがんの発生・進展のメカニズムの解明研究と革新的ながんの診断・治療法の開発に取り組んでおり、インパクトのある多数の研究成果を国際学術誌に報告している。

今日のがん治療においては、病気の進行段階に適切に対応したオーダーメイドの医療と多職種からなる専門家チームによる総合的かつ全人的な医療が求められている。わが国ではこれら先進的がん医療を担い臓器横断的ながん診療のマネージメントができる腫瘍内科医（臨床腫瘍医）や体と心の両面からがん特有の症状に対するケアを行う緩和ケア医が不足している。また、標準的ながん治療の効果がなった患者さんは新しい治療法を求め、「がん難民」という社会的問題が生じている。臨床腫瘍学講座は、医学部および大学院において学際的かつ最新の腫瘍学教育を実施し、附属病院腫瘍内科と腫瘍センターを運営して高い倫理性と科学性に基づいた最新の標準的がん治療と緩和ケアを提供し、さらには新しいがん医療の開発を推進することによって、このような患者さんへ「希望の切れ目のない医療」を提供することを目指して活動している。