腫瘍内科は、臨床腫瘍学講座の運営する附属病院診療科として、臨床腫瘍医による各種の臓器のがんに対する最新の診断、病態評価、がん薬物療法、がんゲノム医療（遺伝子パネル検査）、緩和ケア、先進的がん医療等を外来及び入院で実施している。これらに加えて、新しい治療法の開発のために、これまで、医師主導治験・先進医療や各種のプレシジョン医療等を通じた特色あるがん医療を提供してきており、全国のがん患者さんや病院からの先進的がん医療に関する相談・診療依頼を受け入れている。また、滋賀県がん診療高度中核拠点病院の指定を受けて、滋賀県外のがん診療連携拠点病院および全国の大学・病院と連携したがんの新薬とプレシジョン医療の開発に関わる各種の臨床研究や治験等を実施しており、現在は、新しい分子・免疫療法等の開発を進めている。

腫瘍内科は、腫瘍センターの各部門および関係委員会の支援業務も行っており、年間約9,000件の外来がん薬物療法、年間約1,800件の緩和ケアチーム介入、年間約100件以上のがん遺伝子パネル検査を実施している。本院は日本内科学会、日本臨床腫瘍学会、日本がん治療認定医機構、日本人類遺伝学会および日本緩和医療学会の認定研修施設であり、特定機能病院、厚生労働省・地域がん診療連携拠点病院（旧高度型）、がんゲノム医療拠点病院ならびに滋賀県がん診療高度中核拠点病院とがん診療連携拠点病院の指定を受けており、最新かつエビデンスに基づいたがん医療の実践、がん専門医療人の育成やがん医療の均てん化・集約化、さらには先進的がん医療開発の推進に取り組んでいる。