平成14年(2002年)に光学医療診療部が附属病院に設置され、消化器内科の藤山佳秀教授(～平成26年）、安藤朗教授（平成26年〜令和5年）が部長を兼任してきた。令和5年(2023年)に馬場重樹講師が新たに基礎看護学講座（生化学・薬理学・栄養学）の教授に就任したのちは、胆膵領域では消化器内科の稲富理准教授、消化管領域は静岡がんセンターで内視鏡の研鑽を積んだ光学医療診療部の木村英憲講師、気管支鏡領域は呼吸器内科の山口将史准教授らが中心となり内視鏡診療にあたっている。特に小腸内視鏡は年間300件を超え全国でも有数の検査数を誇る。胆膵領域では超音波内視鏡を用いた消化管との瘻孔形成術、気管支鏡では難治性気管支喘息に対する気管支サーモプラスティなど、高難度内視鏡治療の実績を重ねてきた。更に、日本でわずか数施設である重症COPDに対する気管支バルブ治療の指定施設となった。

近年は鎮静下内視鏡の需要の増加や内視鏡手技の細分化・専門化により、現行の附属病院4階のスペースが手狭となってきている。令和8年には機能強化棟へ移転し、検査室やリカバリーベッドの拡充、機器の整備など診療体制がより一層強化される予定である。