先端がん研究センターは、滋賀医科大学の「知」と「人材」を結集し、がん医療開発に資するため、基礎・臨床医学の融合を図り、アカデミア発のシーズ育成と橋渡し研究を活性化し、附属病院での先進的がん医療の実践とOn the Job Trainingにより、先端がん治療研究を牽引する人材養成を行う大学附属教育研究施設として2019年に設置された。本センターは4部門（基礎研究推進部門、橋渡し研究・開発推進部門、生体試料・データ管理部門、研究・医療人材育成部門）、6つの基礎及び臨床医学系講座の講座構成員で運営されている。先端がん研究センターでは、ヒト臨床生体試料や各種モデル動物を用いた最先端の分子解析で迫るがんの発生・進展のメカニズムの解明研究と画期的ながんの診断・治療法の開発に取り組んでおり、基礎・臨床医学の融合を図り、アカデミア発のシーズ育成と橋渡し研究を活性化し、附属病院での先進的がん医療の実践と先端がん治療研究を牽引する人材養成も行っている。これまで、附属病院における医師主導治験等を通じたOJTで人材育成を進めると共に、学内講座、国際共同利用・共同研究拠点、臨床研究中核拠点病院、橋渡し研究支援拠点、バイオバンクや海外大学等と連携して、がん免疫療法の基礎及び開発研究やプレシジョン医療の開発研究、がんの診断バイオマーカーや医薬品シーズの探索、機能解析研究を実施し、さらには腫瘍由来オルガノイドやがんモデル動物を用いた基礎研究を融合して国際学術誌に成果を報告している。また、アウトリーチ活動を積極的に行っており、先進的医療、がんゲノム医療に関するプレスリリースや講演会、公開講座を実施している。

本学の特色ある重点研究領域であるがん研究とその教育、診療を継続的に活性化してがん研究者とがん専門医療人を育成することは、本学の高度がん研究拠点化を推進するのみならず、地域がん医療の集約化・均てん化および高度化に貢献する面からも本学の使命に合致しており、先端がん研究センターによるプロジェクト研究の推進による基礎・臨床医学の融合、アカデミア発の学内・学外シーズ育成と橋渡し研究の活性化、附属病院での臨床試料利活用体制の強化と先進がん医療、OJTによる人材育成、アカデミア発の特色ある先端がん医療開発の拠点化を進めている。