昭和51年(1976年)に細田四郎教授を初代教授として内科学第二講座が開講し50年を迎えようとしている。その間、第2代馬場忠雄教授(平成６年～平成14年)、第3代藤山佳秀教授(平成14年～平成26年）、第4代安藤朗教授(平成26年〜令和５年)の下、現在250名を超える同門会員が在籍するまでに発展してきた。平成14年(2002年)に大講座制導入とともに旧内科学第二講座は内科学講座(消化器・血液)に改組され、令和4年(2022年)に血液内科が独立したのちは、内科学講座(消化器内科)となった。

令和2 年(2020年)には総合内科学講座の辻川知之教授が公立甲賀病院の病院長および滋賀医科大学理事(地域医療担当)に就任した。令和5年(2023年)には看護学科基礎看護学講座（生化・栄養）の佐々木雅也教授が退官され、附属病院光学医療診療部の馬場重樹講師が新たに基礎看護学講座（生化学・薬理学・栄養学）の教授に就任した。

炎症性腸疾患の臨床および研究に注力し、特にサイトカイン、腸内微生物叢に関する粘膜免疫研究では多くの成果をあげてきた。教育面では、専門を細分化せず幅広い知識を習得するいわゆる「T字型教育」の理念を開講当初から継承している。平成30年度(2018年)から新たに始まった新専門医認定制度に対応し、内科専門医および日本消化器病学会・日本消化器内視鏡会・日本肝臓学会・日本臨床腫瘍学会などサブスペシャリティ領域においても多くの専門医・指導医を育成している。