動物生命科学研究センターは、1978年に設立された「実験動物センター」を起源とし、1980年に「医学部附属動物実験施設」に改組し、さらに2002年に改組、改称して発足した。マウス、ラットなどのげっ歯類、ウサギ、ブタ、イヌなどの飼育施設を有している。2003年に第４期棟が竣工し、最大800頭のカニクイザルを飼育できる国内最大規模の非ヒト霊長類の実験施設となった。2018年に京都大学・ヒト生物学高等研究拠点（WPI-ASHBi）滋賀サテライトに選ばれ、カニクイザル飼育施設を拡張し、最大約940頭を飼育可能となるセンターへ発展しつつある。設立した当時の施設が老朽化したため、2021年から大規模な改修工事が始まった。これら動物飼育エリアから排出される排泄物等は滅菌処理の後専用プラントにて分解処理されセンター外へ有機廃棄物を一切排出しないシステムを構築している。

研究面では、顕微授精法による優れたカニクイザル自家繁殖系を有し、これまで再生医療研究に有用なMHC(Major Histocompatibility Complex:主要組織適合性複合体)統御カニクイザルの繁殖・供給、2013年からは斎藤全能性エピゲノムプロジェクトに参画、2016年に我が国初のトランスジェニックカニクイザル、2019年にゲノム編集カニクイザルを作出、2020年にはアルツハイマーモデルカニクイザルを報告するなど、医科学研究に貢献してきた。発足時より、新興感染症研究のために、12頭のカニクイザルの感染実験が行えるABSL-3感染実験施設が設置されていたが、新型コロナウイルスSARS-CoV-2の世界的な大流行を受け、2022年よりAMED(日本医療研究開発機構)「新興・再興感染症に対する革新的医薬品等開発推進研究事業　霊長類モデルを用いた新型コロナウイルス感染症（COVID-19）に対するワクチン及び治療薬開発を加速する支援体制の構築」の支援を受け、6頭分の感染実験エリアが整備され、現在18頭のABSL-3実験区域が整備されている。2022年にAMED・SCARDA(先進的研究開発戦略センター)「ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業」のサポート機関に選定され、ワクチン研究のためのカニクイザル供給拠点となっている。